Iván desde que incursionó en el fútbol ha sido siempre convocado a las Selección siendo siempre una pieza importante y destacada. Todo comenzó cierto día, cuando Iván estaba jugando un partido cualquiera en su pueblo con sus amigos, un dirigente nacional fue a preguntarle si a las tres de la tarde podía jugar con la Selección de Ecuador Sub-17 que iba a jugar oficialmente por primera vez en Santo Domingo. Iván aceptó y así jugó contra Sport Colombia en el estadio Oswaldo Pacheco. Fue su primer contacto con una "Tricolor". En el juego hizo dos goles, lo que le dio mucha fama en el sector. Ahí se ganó el derecho a ser convocado a su Primera Pre Selección que se preparaba para unos Juegos Bolivarianos y de la que fue excluído al hacer la lista definitiva, por ser muy pequeño. Ese día, triste y desanimado, se hizo una promesa mientras viajaba en un bus de regreso a casa. Ahí prometió que un día iba a estar en una Selección y que sería titular.

Su primera participa- ción internacional la hizo con la Selección sub-17, la cual participó en el Mundial de Fútbol realizado en Ecuador en 1995. Ecuador llegó hasta la segunda ronda, Iván participó con mucho éxito. Además de Iván brillaron jugadores como: Moisés Candelario, Luis Moreira, Edwin Villafuerte, entre otros. El equipo fue dirigido por Eduardo "Zorro" Rivero de nacionalidad boliviana y que ha dirigido a la famosa escuela de fútbol Tahuichi Aguilera de ese país.

En 1997 participó en el Sudamericano sub-20 realizado en Chile, lastimosamente no pudo jugar todo el torneo ya que tuvo una lesión en su rodilla pero en su único partido que jugó ante Brasil marcó un gol que hasta ahora se recuerda. Luego de un centro, Luis Moreira cabecea hacia el arco impactando en el travesaño quedando el balón listo para que Iván se de una chilena espectacular en el aire y convirtiendo ante el asombro de los brasileños, en los comentarios de la prensa brasileña decía que Iván tenía futuro ya que un ordinario no hacía eso y no se equivocaron. Ese gol fue considerado como el mejor del torneo.

El 14 de octubre de 1998, ante la ola de goles de Iván con el Emelec, es convocado por primera vez a una Selección absoluta de Ecuador. El partido era contra Brasil en RFK Stadium de Washington D.C., la capital de Estados Unidos, y el partido finalizó 5 a 1 a favor de los brasileños. Iván se presentó seguro para su primera incursión internacional compartiendo la delantera con Ariel Graziani y hasta estuvo a punto de anotar en un mano a mano con el arquero que salió cerca del arco. Como anécdota hay que acotar que ese día uso la camiseta "6" porque Graziani era del dueño del "9" en ese entonces.

En 1999 y con el traspaso de Iván hacia el Perugia se vio muy necesaria su presencia en la Selección, además ese año había Copa América. En los primeros meses del año se realizó un partido con México en Monterrey, el partido terminó 0 a 0, Iván para esto ya había sido marginado por Boskov de la titularidad con lo que se le vio con falta de fútbol. Al terminar el Campeonato Italiano, Iván se dirigió a Ecuador para integrarse a la Selección con miras a la Copa América, en la preparación jugó un partido contra Chile en el cual demostró con solo haber jugado 10 minutos que era mejor que otros que supuestamente eran mejores por ser titulares en sus equipos. La Copa América llegó y como se esperaba, Iván no fue titular en el primer partido contra Argentina pero Agustín Delgado falló claras ocasiones de gol en el primer tiempo lo que hizo que el técnico Carlos Sevilla haga ingresar a Iván, el partido iba 3 a 0 y fue cuando luego de una falta, Iván desde fuera del área dispare el tiro libre con una clase bárbara y anote ante el asombro de Germán Burgos demostrando que a Europa no fue de turista, en general se mostró mucho mejor que el otro delantero y con Ariel Graziani formaron la pareja perfecta. Para el segundo partido contra Uruguay, Iván ingresó de titular y anotó un gol luego de una jugada de laboratorio de Álex Aguinaga pero no alcanzó, la Selección perdió 2 a 1. El tercer y último partido también ingresó de titular pero no pudo anotar y se volvió a perder 2 a 1 frente a Colombia. La campaña de la Selección fue mala pero la actuación de Iván valió para que el Celta se fijara en él. El 12 de octubre se realizó un amistoso contra Uruguay con motivo del debut de los nuevos técnicos en las dos selecciones, Hernán Darío Gómez en Ecuador y Daniel Passarella en Uruguay. El partido se lo realizó en el estadio Centenario de Montevideo. Iván jugó todo el segundo tiempo y estuvo a punto de anotar pero el arquero lo impidió, el partido culminó 0 a 0.

En marzo empezaron las Eliminatorias para el Mundial de Corea y Japón 2002. El reto de Iván era lograr esa ansiada clasificación para un mundial por primera vez. Iván fue convocado para todos los partidos con excepción en los que Ecuador enfrentó a Argentina, Colombia, Bolivia y Uruguay. Ingresó en los partidos ante Brasil como visitante, ante Paraguay como visitante y ante Perú como local, no pudo anotar. Pero desde que estuvo en el Valladolid y luego en el Celta de Vigo fue nuevamente convocado y fue titular ante Chile como local, ante Venezuela como visitante, ante Brasil como local, ante Paraguay como local, ante Perú como visitante, ante Argentina como local, ante Colombia como visitante, ante Bolivia como visitante, ante Uruguay como local y ante Chile como visitante. En Venezuela anotó su primer gol, muy importante para el segundo triunfo de Ecuador como visitante en toda la historia de las Eliminatorias. Cuando enfrentó a Brasil fue el coautor del gol con que ganaron a los tetracampeones del mundo, fue la figura de ese partido. Ante Paraguay dio el pase para el primer gol, 2 a 1 fue el resultado final. Su segundo gol en la Eliminatoria lo consiguió ante Bolivia en La Paz en la goleada ecuatoriana de 5 a 1, remató de derecha luego de un mal rechazo de la defensa boliviana. Y llegó el partido que decidía la clasificación al mundial, Ecuador necesitaba empatar contra Uruguay en Quito. Ya en el partido los charruas se ponían en ventaja con lo que el sueño ecuatoriano parecía que se esfumaba pero es ahí donde apareció el oportunismo y la constancia de Iván. Iván no había tenido un buen partido pero en el minuto 72 conectó de cabeza un centro para anotar el gol histórico que llevó a Ecuador al mundial, el partido finalizó 1 a 1. Iván vivió una gran alegría ese día ya que cumplió su promesa que hizo cuando esta etapa comenzaba que era la de llevar a Ecuador al mundial y además que iba a anotar el gol histórico. La participación en las Eliminatorias terminó con la visita de Ecuador a Chile. Cabe resaltar que en partidos amistosos anotó siete goles, uno ante el Aucas (equipo ecuatoriano), tres ante la Selección de Panamá, uno ante El Nacional (equipo ecuatoriano) y dos ante el Bolívar Sub-20 (equipo boliviano).

El 2002 no acumuló una cantidad grande de partidos de Iván en comparación de los que ésta hizo. En principios de año no participó de un amistoso con Guatemala ni tampoco de la Copa de Oro en Estados Unidos ya que se le dio la oportunidad de que se adaptara en su nuevo equipo, en ese entonces era el Porto. Su primera aparición se dio en Breda-Holanda cuando la Selección enfrentó a Turquía al cual vencieron por 1 a 0. Luego estuvo ausente en el partido ante Estados Unidos. Su segunda aparición fue ante Bulgaría en New York cuando ganaron por 3 a 0, dos goles fueron de Iván. Luego por una lesión no jugó ante Sudáfrica en España y ante el Internacional de Porto Alegre en Quito. Pero ya pudo jugar el partido en el cual la Selección se despidió de su suelo antes de partir al Mundial. Lo hizo ante el Barcelona en Guayaquil que, en ese entonces, era su club. Ya en la gira premundialista, Iván jugó ante el AC Milan de Italia en Estados Unidos, ante el Atlético de Madrid en la capital española, ante Senegal en Tottori-Japón y ante el Kyoto Purple también en esa ciudad.

Hasta que llegó el momento más esperado por un país y su Selección que era jugar su primera Copa del Mundo. El Grupo G se mostró muy competitivo ya que además de Ecuador estaba Italia, México y Croacia que eran invitados normales en los mundiales y con muchos éxitos. En el debut ante Italia cayó 2 a 0 e Iván no jugó. Para el segundo partido ante México, Iván fue titular pero no pudo demostrar todo su nivel ya que el equipo no funcionó como suele hacerlo y perdió 2 a 1. Ya casi eliminado, Ecuador mostró su verdadero nivel ante Croacia para ganarle 1 a 0 y así conseguir el primer triunfo en una Copa del Mundo. Iván jugó 15 minutos y mostró que pudo haber dado más. En síntesis, Iván jugó dos partidos y no anotó goles pero esta primera participación servirá de experiencia para que en futuras competiciones se muestre más madurez de parte de él y del equipo. Iván, desde ya, piensa en su próximo objetivo que es clasificar y jugar la Copa del Mundo 2006 en Alemania. Un nuevo reto que, de seguro, Iván y su equipo lo conseguirá ya que ahora saben lo que es el fútbol del más alto nivel.

En noviembre del 2002, se celebró el partido 100 del capitán de la Selección, Álex Aguinaga, ante Costa Rica en Quito. Iván fue convocado para este partido y marcó un gol de tiro libre que sentenció el marcador de 2 a 2.

El 2003 no comenzó bien ya que Ecuador cayó por 4 a 0 ante España en un amistoso jugado en Madrid, Iván sí jugó. En septiembre se inició un nuevo sueño mundialista para Ecuador pero Iván se encontraba en un retiro momentáneo del fútbol por lo que otra vez veía desde lejos los partidos eliminatorios iniciales, tal como sucedía hace cuatro años. Para el 2004, Iván volvía al fútbol y al Barcelona por lo que las puertas parecían abrirse. Sin embargo, situaciones ajenas a él y que nunca se dieron a conocer hizo que el técnico Hernán Darío Gómez lo convoque para enfrentar a Colombia y Bolivia pero sin hacerlo jugar ni un sólo minuto. Luego se vino la Copa América en Perú y tampoco fue convocado. Esto y la humillante participación de Ecuador en ese torneo hizo que Gómez renunciará. En su lugar llegó su compatriota Luis Fernando Suárez, el cual prometió renovar la Selección. Y así fue, Iván volvía a ser convocado para el partido ante Uruguay del 5 de septiembre ya que ayudaba el hecho de que había sido trasnferido al Crystal Palace. Todo hacía presagiar que lo haría como titular pero Iván abandonó la concentración por arreglar unos asuntos personales. Esto motivó su exclusión de la nómina e incluso se llegó a pensar en no convocarlo nunca más. Iván escribió una carta de disculpas, habló con Suárez y todo pareció retornar a la tranquilidad. Un mes después, Iván volvía a ser convocado para el partido ante Chile en Quito y lo hacía anotando uno de los goles con los que derrotarona a los "Araucanos". Cuando Iván fue reemplazado, se unió en un estrecho abrazo con su técnico para demostrar que los errores del pasado habían sido perdonados. En ese año también jugó ante Venezuela y ante Brasil.

Para el 2005, Iván también tuvo un año muy irregular con la Selección. Su primera aparición fue en dos partidos amistosos ante Panamá. Luego estuvo en el partido en Chile, en el cual cayeron ante la Selección local por 3 a 0. Su bajo rendimiento en Barcelona hizo que se dificulte su convocatoria. Sin embargo, el 27 de marzo jugaría el único partido oficial del año cuando ingresó en los últimos minutos ante Paraguay en Quito por las Eliminatorias. A partir de aquí no volvió a la "Tri" ya que fue separado de Barcelona y se encontraba en busca de un equipo. Para el mes de octubre, Ecuador se jugaba su segunda clasificación mundialista al recibir a Uruguay, tal como hace cuatro años atrás. Iván, ante esta situación especial, no dudó en acercarse y regresar a su país por pedido de gente cercana a la Selección. Sin embargo, la dirigencia y el cuerpo técnico siempre trató de mostrar la imagen de que Iván había solicitado un permiso para entrenar. Muchas cosas pasaron hasta el día del partido pero, ante la resistencia de mucha gente, el cuerpo técnico decidió no incluirlo y tuvo que conformarse con mirar este hecho histórico desde el banco de suplentes. Cabe destacar que Ecuador empató 0 a 0 y en la gente quedó un sinsabor porque quizás con Iván la historia se habría repetido. Este empate deja marcado que Iván es el único jugador que le ha dado la clasificación a su país. Tres días más tarde, Ecuador cerraba el proceso eliminatorio en Chile y, a pesar de que Iván fue incluido en la nómina, no le hicieron ingresar ante el rechazo del público que se había dado cita al estadio Nacional de Chile. Y cuando todo parecía que el año había terminado para Iván, su sorpresiva vinculación a Argentinos Juniors abrió las puertas para que regresara a la Selección. Iván fue convocado para una gira internacional en Egipto y jugó los dos partidos ante Senegal y Uganda. Justamente ante este último rival, Iván marcó un gol.

Y el gran año llegó, el 2006 traía consigo el Mundial de Alemania y en donde había mucha expectativa por la segunda participación ecuatoriana en este magno evento. Antes de esto y no con mucho suceso, la "Tri" realizó varios partidos amistosos con resultados no tan favorables. Iván, luego de superar muchos problemas en Argentinos Juniors, finalmente era convocado entre los 23 jugadores que fueron a tierras germanas. Jugó ante colombia, Macedonia y un combinado estudiantil de Alemania, ante los cuales anotó un gol. El 9 de junio todo el país se levantaba con una única misión, ver ganar a Ecuador ante Polonia. El partido terminó 2 a 0 a favor de los "Tricolores" y uno de los goles llevaría la marca de Iván, no por ser el autor, sino por habilitar a Agustín Delgado para que sólo empuje el balón a las redes. No fue titular pero fue fundamental en la primera hazaña de su país. Seis días después se venía el segundo obstáculo, Costa Rica, un equipo mucho más familiar para los sudamericanos. Iván ingresaba por un lesionado Carlos Tenorio para el segundo tiempo y, con el marcador a su favor, Delgado pondría la segunda. El partido agonizaba, Iván había buscado su gol con muchas ansias y, en un contragolpe letal, Edison Méndez envió un centro preciso para que Iván se lanzara por el balón y lo empuje con su pierna derecha. La emoción era indescriptible y mucho más lo sería cuando, sin que nadie imaginara, sacara una máscara de Spiderman y se la colocara, en homenaje al fallecido Otilino Tenorio. Todos se conmovieron y sacó lágrimas a más de uno. Otra vez sorprendía, no sólo por su fútbol, sino por sus actitudes. Un Ecuador ya clasificado a octavos de final enfrentó a Alemania con un equipo alternativo y en el cual Iván jugó todo el partido. Tuvo un par de opciones de anotar pero el 3 a 0 de los locales fue inobjetable. Ya en octavos de final y ante una histórica Inglaterra por delante, Ecuador demostró que no le teme a nadie y jugando un gran partido, una decisión arbitral polémica y una falla del arquero ecuatoriano, permitió a David Beckham romper la ilusión de todo un país. Iván ingresó mediado el segundo tiempo, trató de cambiar la historia pero no se pudo. Sin embargo la actuación ecuatoriana fue excelente y marcó un antes y un después. Los jugadores y el técnico, a su retorno a Ecuador, fueron recibidos como héroes. Ya pasada la fiebre de un gran Mundial para el país, el 6 de septiembre se enfrentó a Perú en New Jersey y el partido concluyó empatado 1 a 1. Iván estuvo presente y estuvo muy cerca de anotar con un tiro en el palo. Así terminó uno de los mejores años para la Selección y para Iván, en el cual sobrepasaron las expectativas y dejaron en lo más alto al país.

El 2007 significaba un nuevo reto para la "Tri" ya que disputabá la Copa América en Venezuela, sin embargo nadie esperaba que sería el inicio del fin de un etapa junto a Luis Fernando Suárez. Iván, ante la mejor temporada de los últimos años, se perfilaba como fijo dentro de la nómina pero una rebelde lesión y la inexplicable marginación por parte del técnico hacían que no pueda asistir. Tres derrotas en tres partidos sembró un mar de dudas pero el inmediato inicio de las Eliminatorias a Sudáfrica 2010 no dio tiempo para cambios. Iván fue convocado para los partidos ante Venezuela y Brasil pero la misma lesión que lo dejó al margen de Venezuela volvía a hacer de las suyas. Dos caídas más dejaron en la cuerda floja al técnico Suárez que para noviembre convocó a lo mejor para enfrentar a Paraguay y Perú, Iván ahora sí pudo decir presente. Otra goleada, esta vez en Asunción, terminaba por empujar a Suárez al abismo y presentó su renuncia irrevocable. Lo único rescatable del partido fue que Iván ingresó en los últimos minutos y puso el gol de descuento. Tres días después, la "Tri" tenía que recibir a Perú y la dirección técnica fue encargada a Sixto Vizuete, el cual no dudó en poner lo mejor de su plantel para cambiar el panorama e incluyó a Iván como titular. El tiempo le daría la razón porque fue parte fundamental del renacer del equipo que goleó 5 a 1 con una gran actuación suya, además anotó el segundo gol de su equipo. Iván salió ovacionado por el público y volvió a prender la ilusión en el país. Las Eliminatorias continuaron y, aunque la clasificación estuvo cerca, la era más exitosa del fútbol ecuatoriano terminó. Ahora Iván espera volver a defender los colores de su patria en las Eliminatorias para el Mundial de Brasil 2014 y poderse retirar dándole una nueva clasificación.

El 2010, aún con la amargura de no haber llegado a un Mundial, significó el regreso de Iván a la Selección. México y Corea del Sur vieron en Ecuador un rival para prepararse para la cita mundialista. Iván jugó los dos partidos como titular y ahora espera seguir siendo convocado en los amistosos venideros.